负责中医药（蒙医药）理论，医术和药物的发掘、保护和利用，组织实施中医药（蒙医药）人才培养和科学研究，完善蒙医药标准体系，促进中医药（蒙医药）科技成果的转化、应用、推广和中医药（蒙医药）对外交流与合作。

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